(1999.5.24 재정경제부령 제86호)

제1조【시행일】
이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제29조의 개정규정은 2000년 1월 1일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】
이 규칙은 1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 특별부가세에 관한 개정규정은 대통령령 제15970호 법인세법 시행령 개정령 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제3조【신고 납부 등에 관한 적용례】
①제2조 및 제3조의 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
②제51조의 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 납부하는 분부터 적용한다.
③제53조의 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.

제4조【감가상각비의 손금산입에 관한 적용례 】
제13조의 개정규정은 1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도에 시설대여하는 분부터 적용한다.

제5조【기부금 등의 손금산입에 관한 적용례】
① 제18조 및 제19조의 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.다만, 제18조 제2항 제12호의 개정규정은 2001년 12월 31일까지 지출하는 분까지 적용한다.
② 제20조 및 제21조의 개정규정은 1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도에 지출하는 분부터 적용한다.

제6조【손익의 귀속사업연도에 관한 적용례】
제34조 내지 제36조의 개정규정은 1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도에 용역의 제공·리스 기타 거래를 개시하는 분부터 적용한다.

제7조【국내지급위약금 등의 범위에 관한 적용례】
제67조의 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.

제8조【원천징수에 관한 적용례】
①제56조 및 제57조의 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 이자소득을 지급하는 분부터 적용한다.
②제68조 제2항의 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.

제9조【지출증빙수취특례에 관한 적용례】
제79조의 개정규정은 1999년 1월 1일 이후 최초로 거래하는 분부터 적용한다.

제10조【서식에 관한 적용례】
제82조의 서식에 관한 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 제출하는 분부터 적용한다. 다만, 제82조 제1항 내지 제8항의 개정규정에 의한 서식(분할에 관한 서식을 제외한다) 중 각 사업연도소득에 대한 법인세의 신고 및 납부와 관련한 서식은 1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도에 대한 법인세를 신고 및 납부하는 분부터 적용한다.

제11조【가지급금 등의 범위에 관한 특례】
대통령령 제15970호 법인세법시행령 개정령 부칙 제13조 제3항의 규정에 의하여 2001년 12월 31일까지 금전의 대부로 보지 아니하는 대부자금에 대하여는 제28조의 개정규정을 적용함에 있어서 이를 가지급금 등으로 보지 아니한다.

제12조【일반적 경과조치】
이 규칙 시행 전에 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세하여야 할 법인세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

제13조【정기예금이자율 등에 관한 경과조치】
①제6조의 개정규정을 적용함에 있어서 국세청장이 이자율을 정하기 전까지는 100분의 9를 적용한다
②제43조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 이 규칙 시행일 현재 종전의 제20조의 규정에 의하여 국세청장이 정한 이자율은 제43조 제1항의 개정규정에 의하여 정한 이자율로 본다.

제14조【공익성기부금의 범위 등에 관한 경과조치】
①총리령 제557호 법인세법시행규칙 중 개정령의 시행 전의 법인세법시행규칙 제17조 제5호·제7호·제13호·제17호·제19호·제22호·제32호·제36호·제39호·제40호·제45호 및 제46호에 규정된 단체 및 기부금의 용도에 대하여는 제18조 제1항 제32호의 개정규정에 의하여 재정경제부장관이 지정한 단체 및 기부금의 용도로 본다.
②총리령 제609호 법인세법시행규칙 중 개정령의 시행 전의 법인세법시행 규칙 제17조 제7호 및 제33호에 규정된 단체 중 한일친선협회·한일협력위원회·환경보전범국민운동추진협의회 및 환경운동연합에 대하여는 제18조 제1항 제3호 및 제21호의 개정규정에 의하여 재정경제부장관이 지정하는 날까지는 종전의 규정을 적용한다.

제15조【업무와 관련없는 부동산의 판정유예기간 등에 관한 경과조치】
①1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제18조 제2항 본문, 동조 제4항 제12호 및 동조 제5항 제1호의3·제2호 ·제5호·제11호 가목·제11호의2의 규정에 의한 기간이 경과된 부동산에 대하여는 그 기간에 관한 종전의 규정을 적용한다.
②이 규칙 시행 전에 염관리법 제6조의 규정에 의하여 폐지신고를 한 염전에 대하여는 종전의 제18조 제5항 제3호의2의 규정을 적용한다.
③법률 제5584호 조세감면규제법 중 개정법률로 개정되기 전의 조세감면규제법 제39조 제1항의 규정에 의하여 합리화 대상기업으로 지정된 기업이 동조 제2항의 규정에 의한 합리화기준에 따라 처분하도록 되어 있는 부동산으로서 1999년 1월 1일 현재 동 합리화기준상의 처분기한이 경과되지 아니한 부동산에 대하여는 종전의 제18조 제5항 제8호의 규정을 적용한다.

제16조【서식에 관한 경과조치】
법률 제5581호로 개정되기 전의 법인세법 또는 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 법인세법시행령의 시행 전의 법인세법 및 법인세법시행령에 의하여 법인세 과세표준을 계산하거나 신고·납부하는 경우에는 종전의 각 서식에 의한다.

제17조【다른 법령의 개정】
①국제조세조정에 관한 법률 시행규칙 중 다음과 같이 개정한다. 제8조 제2항 중 "법인세법시행규칙 제15조의 3 각호"를 "법인세법시행규칙 제80조 각호"로 한다.
②자산재평가법시행규칙 중 다음과 같이 개정한다. 제2조 중 "법인세법시행규칙 별표 1 및 별표 3"을 "법인세법시행규칙 별표 2 및 별표 5"로 한다.

제18조【다른 법령과의 관계】
이 규칙 시행당시 다른 법령에서 종전의 법인세법시행규칙을 인용한 경우 이 규칙 중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 규칙의 해당규정을 인용한 것으로 본다.